El Archivo Siret permitió poner las bases de la Prehistoria del sudeste peninsular y es una herramienta todavía hoy imprescindible en los estudios arqueológicos y nos permite acercarnos a la metodología y pensamiento científico de Siret.
Está compuesto por más de un centenar y medio de cuadernos de excavación, información sobre cada uno de los yacimientos intervenidos, valiosos manuscritos, misivas entre Siret y su capataz Flores en la que recoge el día a día de hallazgos y excavaciones y una enorme cantidad de dibujos, fotografías y textos en forma de notas, dossieres y estudios sobre arqueología. Pero su importancia no sólo radica en el volumen de datos sino en su recopilación minuciosa en la propia excavación, que les confieren un valor intemporal.
Junto a esta documentación de carácter arqueológico, el Museo guarda la correspondencia de Henri y Louis Siret con personalidades científicas de la época e instituciones interesadas en sus trabajos, recortes de prensa recogidos desde fines del XIX a los años 30 del siglo XX, dossieres formados con documentación preparatoria para su participación en homenajes y congresos y extractos y resúmenes realizado por Siret sobre artículos y libros que había leído.
Además del archivo personal de Siret y con motivo del ingreso de sus colecciones en el Museo Arqueológico Nacional, el personal de este centro generó un archivo paralelo formado por los documentos que se derivaron del trabajo de inventario y organización archivística y topográfica de la documentación y colección realizado en los años 50 a 90 del siglo XX.
A esto hay que añadir las transcripciones mecanografiadas de los cuadernos de Flores y la formación un fondo fotográfico que completa el estudio de las piezas.