Les départements scientifiques sont chargés de la recherche et de l’étude des collections du musée, afin de les interpréter dans leur contexte historique.
Chaque département développe des projets de recherche, seul ou en collaboration avec des institutions externes, dont les résultats sont communiqués dans les publications destinées à la communauté scientifique. Les départements scientifiques ont également pour tâche la rédaction du discours scientifique des expositions.