Los departamentos científicos desarrollan la función de estudio e investigación de las colecciones del Museo para interpretarlas en su contexto histórico.
Cada departamento desarrolla proyectos de investigación, solos o con instituciones externas, cuyos resultados se difunden en publicaciones dirigidas a la comunidad científica. Asimismo, los departamentos científicos son los responsables del discurso científico de las exposiciones.